Эстонская гончая - порода, выведенная в Эстонии путем сложного скрещивания местных гончих с английскими биглями и швейцарскими гончими с небольшим приливом кровей фоксгаунда, русской и финской гончих. Выведению породы способствовал закон буржуазной Эстонии, запрещавший применение крупных гончих собак, травивших мелких копытных - косуль.
Как самостоятельная порода утверждена в 1954 году, однако селекционная работа по выведению этих собак началась в 30-е годы под руководством кинолога С. Н. Смелкова. Помеси этого периода отличались большой разнотипностью.Были отобраны местные гончие и к ним прилили кровь английских биглей. Для улучшения голоса в породу были введены швейцарские гончие - небольшие собачки, обладающие музыкальными голосами и отличной вязкостью. Позднее прилили еще кровь фоксгаунда - страстного лисогона.
После Великой Отечественной войны плановая селекционная работа с породой проводилась в питомнике Таллинского клуба охотников ДСО «Калев», где основными производителями стали выжлецы «Ами» Ф. М. Сеппера, «Сампо I» К. М. Канабрика и выжловка «Макки» ДСО «Калев». Их потомки - выжлецы «Вирк» и «Сампо II» 91/эг (по эстонской родословной книге), а позднее выжловки «ч. Эпп» X. Мери, «Пику» ДСО «Калев» и другие стали лучшими производителями, давшими высококачественное потомство.
Эта порода пользуется популярностью также и у охотников Ленинграда, Белоруссии и Украины. Небольшое число этих собак в Латвии и Литве, Московской, Горьковской, Брянской, Тульской и некоторых других областях, появились они на Урале и Северном Кавказе. Этому способствует малый рост собак, удобный при транспортировке и квартирном содержании, мягкий характер и податливость дрессировке, вязкость, относительная выносливость, скороспелость (начало работы по зверю в раннем возрасте) и звонкие доносчивые голоса.
К 1954 году в Эстонии было 649 эстонских гончих.
В 1957 году в Москве на ВДНХ команда эстонских гончих получила аттестат I степени.
С эстонской гончей успешно охотятся на зайцев и лисиц.